В 1652 г. царь Алексей Михайлович отправил в Соловецкий монастырь посольство, возглавленное Новгородским митрополитом Никоном. На посольство была возложена задача перевезти мощи священномученика Филиппа в Москву. После литургии и молебна, стоя перед ракой с мощами мученика Христова, митрополит перед всеми прочел грамоту царя. Алексей Михайлович молил святого отпустить вину «прадеда»: «Сего ради преклоняю сан свой царский за оного, иже на тя согрешившего, да оставиши ему согрешение его своим к нам пришествием». Митрополит Филипп, в миру Федор, происходил из знатного рода бояр Колычевых. Родители его, знатные и благочестивые люди, были близки ко двору царя Василия Иоанновича. После смерти царя, во время правления великой княгини Елены, семейство Колычевых подверглось опале. Несчастья родственников усилили желание Федора оставить мир ради служения Богу. Окончательное решение он принял, услышав в церкви слова Евангелия: «Никто не может служить двум господам». Тайно, в одежде простолюдина, Федор Колычев ушел в дальнюю Соловецкую обитель. Произошло это в 1537 г., на тридцатом году его жизни. Прибыв в обитель, молодой боярский сын трудился наравне с другими иноками: копал землю, рубил дрова, носил воду, ловил рыбу. По благословению игумена трудился в кузнице, пек хлеб в монастырской пекарне. Несмотря на тяжелую работу, послушник первым приходил в храм и последним уходил из него. Через полтора года он принял постриг с именем Филиппа. Его духовным отцом стал старец Иов, друг знаменитого подвижника Александра Свирского. Временами, с разрешения старца, Филипп удалялся в необитаемую часть острова, в пустыню, и там в одиночестве молился днем и ночью. Так прошло девять лет. Когда игумен монастыря состарился, братия единодушно избрала своим новым начальником Филиппа. Он был посвящен в сан игумена новгородским владыкой. Став во главе обители, игумен Филипп сочетал духовную жизнь подвижника с успешными трудами по управлению и ведению хозяйства. В его правление островные озера были соединены каналами, осушена болотистая почва, устроены пастбища, сады и огороды, проложены дороги. На островах построили новые мельницы, соляные варницы. Игумен Филипп нашел древние иконы основателей обители, преподобных Зосимы и Савватия, принадлежавшие им книги и мантии. Был заложен и почти достроен храм Преображения Господня. Филипп собственными руками заготовил для себя гробницу в храме и хотел сам освятить его. Неожиданно в обитель пришла царская грамота. Иван Грозный звал игумена в Москву. Царь объявил, что желает видеть Филиппа митрополитом. Он помнил Филиппа со времен своего детства, уважал и надеялся, что тот станет утешать его, молиться и не будет вмешиваться в государственные дела. Знатное происхождение и вместе с тем иноческое смирение игумена должно было стать примером для бояр, в которых государь видел изменников. Филипп долго отказывался принять высокий сан. «Не могу, — говорил он, — принять на себя дело, превышающее силы мои, отпусти меня Господа ради, зачем малой ладье поручать тяжесть великую?». Он не соглашался с устроенным царем делением государства на земщину и опричнину. От такого деления страдала земля русская. Иоанн возражал, что опричнина нужна для борьбы с теми, кто мыслит извести царя. Собор епископов и бояре уговаривали Филиппа принять волю царя. Он уступил, пообещав не вмешиваться в опричнину, но взамен получив обещание царя прислушиваться к советам митрополита, как было в обычае раньше, при царе Иоанне и при его отце. 25 июля 1566 г. Филипп был возведен на престол митрополита. Первое время дела шли спокойно. Но царь вел переговоры с Литвой и Польшей, и вскоре ему доложили, что обнаружены грамоты польского короля к боярам. Речь шла якобы об их намерениях переметнуться из России в чужие владения. Началась новая волна жестоких казней. Москва замерла в ужасе. Жители боялись встретить опричников, которые прямо на улицах убивали людей. Напрасно митрополит Филипп наедине с царем призывал его не верить клеветникам. Иоанн был глух к увещеваниям. Он угрожал святителю:«Филипп! Не прекословь державе нашей, чтобы не постиг тебя гнев мой, или оставь митрополию». Правдолюбец отвечал: «Я не посылал ни просьб, ни ходатайств и не наполнял ничьих рук деньгами, чтобы получить сан святительский. Ты лишил меня пустыни моей. Твори, как хочешь». С тех пор царь стал избегать встреч с митрополитом. К святителю по-прежнему стекались несчастные люди, просившие заступничества, Филипп утешал их, но уже не мог защитить их перед государем. В крестопоклонное воскресенье (2 марта 1568 г.) царь с опричниками пришел в Успенский собор. Он склонил голову, ожидая благословения от митрополита. Святитель безмолвно молился. «Владыка, — сказал один из вошедших, — царь Иван Васильевич требует твоего благословения». Филипп произнес: «Мы здесь приносим безкровную жертву Богу, а за алтарем льется невинная кровь христианская! Грабежи и убийства совершаются именем царя». Иоанн был разгневан: «Нам ли противишься ты? Я был слишком добр к вам, мятежникам, щадил вас, теперь увидим, велика ли сила твоя». Филипп отвечал: «Я пришлец на земле, как и отцы мои, готов страдать за истину». Иоанн пришел в ярость. Пытки и казни продолжались. 28 июля того же года митрополит служил в Новодевичьем монастыре. Туда прибыл Иоанн, по обычаю своему, в сопровождении опричников. Перед чтением Евангелия митрополит обратился к народу, чтобы возгласить «Мир всем!». В это мгновение он заметил, что один из опричников стоит в татарской шапке (тафье). «Государь, — промолвил митрополит, — добрые христиане слушают Слово Божие с непокрытыми головами. Не подобает твоим людям следовать магометанским обычаям». «Кто посмел?» — завопил царь. Виновный успел сорвать с головы тафью и спрятать ее. Опричники, воспользовавшись ситуацией, обвинили митрополита во лжи. Вернувшись во дворец, царь отдал приказ учинить суд над митрополитом. Стали искать обвинителей среди слуг владыки и в Соловецкой обители. Одним обещали блага, другим угрожали. Некоторые иноки, поддавшись давлению, согласились дать лжесвидетельства. Состоялся суд над святителем. Он выслушал обвинения молча, не пытаясь оправдаться. Оставив знаки святительского сана — белый клобук, мантию и жезл, Филипп хотел удалиться. Царь потребовал, чтобы он оставался в сане до произнесения приговора и служил литургию в Михайлов день. В этот день, 8 ноября, в Успенский Собор, где шло богослужение, ворвался один из фаворитов царя, Басманов, с отрядом опричников. При всех был зачитан приговор. С митрополита сорвали облачение, накинули на плечи рваную рясу. Ругая и избивая, поволокли из храма. Толпа народа со слезами провожала своего печальника. На дровнях его увезли в Богоявленский монастырь. Народ бежал следом. Владыка благословлял людей со словами: «Чада, молитесь, так Богу угодно. Если бы не любовь к вам, ни одного дня не остался бы на престоле. Уповайте на Господа, в терпении стяжите души ваши»
Филипп узнал, что приговорен к пожизненному заточению. Святителя заключили в цепи, увезли в темницу. Несколько дней он не получал хлеба. От гнева царя пострадало все семейство Колычевых. В тюрьму, где томился митрополит, по распоряжению царя, прислали отрубленную голову его любимого племянника. Филипп, поклонившись в землю, принял голову, поцеловал и промолвил: «Блажени, иже избра и прият Господь, память их в род и род». Наконец, Иоанн сослал Филиппа в тверской Отроч монастырь. В декабре 1569 г. царь двинулся на Новгород. Тогда по воле Иоанна начальник опричников Малюта Скуратов явился в келью Филиппа со словами: «Владыка святый! Благослови царя идти в Новгород». Святитель знал, зачем прибыл Малюта. Он ответил злодею: «Благословляют добрых на доброе, делай то, на что прислан, а дар Божий не получают обманом». Малюта бросился на святителя и задушил его. Опричник сказал настоятелю, что Филипп умер от угара и велел тотчас похоронить его. Иноки вспоминали, что за три дня до кончины святитель причастился святых Тайн и произнес: «Отшествие мое близко, настал конец мой». Мощи святителя были перевезены из Соловецкого монастыря в московский Успенский собор. На месте встречи мощей, в Мещанской слободе (ныне улица Гиляровского), в середине XVII века построен храм свт. Филиппа. Там находится икона с частицей его мощей. Во всех московских храмах во время церковных служб священнослужители и прихожане молитвенно вспоминают имя святого Филиппа вместе с именами иных великих московских святителей, ныне предстоящих перед престолом Божьим и молящихся за нас.
(все даты в статье указаны в старом стиле)